La fase de grupos de la Copa Sudamericana será disputada por los equipos representantes de Argentina (6), Brasil (6) y los 4 equipos perdedores de los enfrentamientos de la Fase 3 de la CONMEBOL Libertadores que se clasificarán directamente para esa fase, más los 16 equipos clasificados de la Primera Fase de la CONMEBOL Sudamericana 2024.
Los 32 equipos (siendo 16 equipos clasificados directamente y los 16 equipos clasificados de la Primera Fase), que se dividirán en 8 grupos de cuatro clubes cada uno, disputarán esta fase.
Por Colombia los clasificados fueron Alianza, que eliminó al América de Cali, y Medellín, que sacó al Deportes Tolima.
En la fase de grupos cada equipo jugará un partido en condición de local y un partido en condición de visitante contra cada uno de los otros equipos del mismo grupo.
El ganador de cada grupo clasificará directamente para la fase de octavos de final El segundo colocado de cada grupo se clasificará para los play off de octavos.
Medellín quedó en el grupo A junto a Defensa y Justicia, César Vallejo y Always Ready.
Alianza irá en el grupo B con Cruzeiro, La Calera y la Univesidad Católica de Ecuador.
Grupo A: Defensa y Justicia (Arg), Ind Medelín (Col), César Vallejo (Per), Always Ready (Bol).
Grupo B: Cruzeiro (Bra), La Calera (Chi), U. Católica (Ecu), Alianza (Col).
Grupo C: Internacional (Bra), Delfin (Ecu), Belgrano (Arg), Real Tomayapo (Bol).
Grupo D: Boca Juniors (Arg), Fortaleza (Bra), Nac Potosí (Bol), Trinidense (Par).
Grupo E: Paranaense (Bra), Danubio (Uru), Ameliano (Par), Rayo Zuliano (Ven).
Grupo F: Corinthians (Bra), Argentinos Juniors (Arg), Racing (Uru) , Nacional (Par).
Grupo G: Lanús (Arg), Metropolitanos (Ven), Cuiabá (Bra), Garcilaso (Per).
Grupo H: Racing (Arg), Coquimbo (Chi), Luqueño (Par), Bragantino (Bra).